ஜெயந்திரருக்கு திடிரென்று மூச்சுத்திணறல் ஏற்பட்டதால் காஞ்சிபுரம் சங்கரா மருத்துவமனையில் அனுமதிக்கப்பட்டார்.பின்னர் அவருக்கு அங்கு தீவிர சிகிச்சை அளிக்கப்பட்டது.சிகிச்சை பலனின்றி ஜெயேந்திரர் காலமானார்.அவருக்கு வயது 83 ஆகும்.
unknown nodehttps://twitter.com/narendramodi/status/968721674286895104
இது தொடர்பாக அவர் வெளியிட்டுள்ள இரங்கல் செய்தியில், ”காஞ்சி காமகோடி பீடம் ஜகத்குரு பூஜ்யஸ்ரீ ஜெயேந்திர சரஸ்வதி சங்கராச்சார்ய ஆச்சார்யாவின் அவர்களின் மறைவு செய்தியை கேட்டு, ஆழ்ந்த வேதனை அடைந்தேன். லட்சக்கணக்கான பக்தர்களின் இதயங்களிலும், மனங்களிலும், அவரது முன்மாதிரியான சேவை மற்றும் நல்லெண்ணங்களினால் வாழ்ந்து வருவார். அவரது ஆத்மா சாந்தி அடையட்டும்” என்று தனது ட்விட்டரில் இரங்கல் தெரிவித்துள்ளார்.